當前國家土壤環境質量監測網絡全面鋪開的大背景下，土壤環境質量監測須嚴格按照相關技術規范和標準規定實施全過程質量控制，做好現場布點采樣、運輸流轉、制樣保存、實驗室分析及數據處理審核等質量控制工作。

土壤樣品的采集方法對監測結果影響很大，采樣造成的誤差可能比分析測試的誤差還要大。土壤環境監測的布點、采樣需嚴格按照HJ/T 166-2004《土壤環境監測技術規范》中的相關規定進行。

為使所采集的樣品具有同等代表性，布點應遵循“隨機”和“等量”的原則。布點方法有簡單隨機、分塊隨機和系統隨機三種；基礎樣品數量可由均方差和絕對偏差、變異系數和相對偏差計算得出；布點數量要能滿足樣本容量的基本要求。一般要求每個監測單元最少設3個點，實際工作中還要根據調查目的、調查精度和調查區域環境狀況等因素來確定。

樣品采集通常按3個階段進行，即前期采樣、正式采樣和補充采樣，面積較小的土壤污染調查和突發性污染事故調查可直接采樣。區域環境背景土壤采樣、農田土壤采樣、建設項目土壤環境評價監測采樣、城市土壤采樣、污染事故監測土壤采樣，不同的類型有不同的特點及方式，需按照相應的規定要求進行作業。

在樣品采集現場需認真填寫采樣記錄、樣品標簽、樣品信息登記表，與樣品逐一核對無誤后把樣品分類裝箱，并在運輸過程中嚴防樣品損失、混淆和玷污。樣品由專人送到實驗室后，送樣人和接樣人應同時清點及核實樣品信息，在樣品交接單上簽字確認，雙方各存一份交接單備查。

實驗室需設風干室和磨樣室，風干室應通風良好、整潔、無塵、無易揮發性化學物質，并避免陽光直射。制樣人員與樣品管理員同時清點核實、交接樣品，在樣品交接單上簽字確認。還應具備相應的風干、粗粉碎、磨樣、過篩、裝樣所需工具及容器，制樣操作要符合規范要求，并嚴格防止標簽和樣品混錯，防止制樣工具造成交叉污染。

樣品保存方法是否得當、保存時間是否符合要求都會影響樣品測試結果。易分解或易揮發等不穩定組分的樣品應低溫保存運輸，盡快送到實驗室分析測試；需要新鮮樣品的土樣用可密封的聚乙烯或玻璃容器在4℃以下避光保存，應使土樣充滿容器，在樣品有效保存時間內完成檢測。

實驗室內部質量控制是實驗室分析檢測人員采取措施對分析質量進行的自我控制，通常有精密度控制、準確度控制以及檢測過程中的干擾處理。

精密度是指使用特定的分析程序重復分析測定均一樣品所獲得測定值之間的一致性程度。土壤環境監測中，每批樣品每個項目須做20 %平行樣品，樣品數少于5個時至少應有1個平行樣，平行樣可為實驗室明碼平行或現場密碼平行。不同測定項目的平行雙樣測定結果誤差允許范圍不同，在相應允許誤差范圍之內即判定為合格。若平行雙樣測定合格率低于95 %，則應對當批樣品重新測定，并增加樣品數10 %~20 %的平行樣，直至平行雙樣測定合格率高于95 %。

檢測過程中如遇停水、停電、停氣等影響到檢測質量的干擾時，全部樣品應重新測定；儀器發生故障時，用同等級且能滿足檢測要求的儀器重新測定，無備用儀器時，將故障儀器維修后經檢定合格再重新測定。

實驗室間的質量控制主要在于定期參加實驗室間比對和能力驗證活動，確保實驗室檢測能力和水平，保證出具數據的可靠性和有效性。如通過能力驗證或者機構間比對發現某項檢驗檢測結果不理想時，應系統地分析原因，采取適宜的糾正措施，并通過試驗來驗證其有效性。